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实验介绍
【技术原理】
DNA分子中由于发生碱基对的增添、缺失或改变进而引起基因结构的改变,称为基因突变。定点突变 (mutagenesis)是通过PCR等方法向目的DNA片段中引入突变,包括碱基的添加、删除、点突变等。该技术能迅速、高效地改变DNA所表达的目的蛋白的性状及表征,是研究蛋白质结构和功能之间复杂关系的有力工具,也是研究人员在实验室中改造、优化基因常用的一种非常有用的手段。目前,由PCR介导的定点突变相比于其他突变技术具有周期短、成功率高、不受酶切位点限制等优点,是使用最普遍的定点突变方法。
【实验流程】
案例展示
常见问题
常见问题1:质粒模板无法正常扩增
可能原因及解决方法:
(1)引物设计有误:核对引物设计方案;
(2)扩增体系配制错误:重复实验;
(3) 扩增反应条件不优化:调整Mg浓度、酶量、扩增程序;
(4)模板质粒质量偏差:长期放置、反复冻融会导致模板质粒断裂、开环或降解,应使用新鲜制备的质粒作为模板。
常见问题2:平板上长不出克隆或克隆数目很少
可能原因及解决方法:
(1)感受态效率低:使用新制备或妥善冻存的感受态细胞,确保转化效率>cfuμg。每次可设置一组转化质粒的对照实验,以检测感受态细胞的转化效率;
(2)重组反应体系中DNA量不足,或者比例不佳(双碱基突变):尽量按照推荐DNA的量配制反应体系;
(3) 重组环化反应体系中DNA不纯,抑制反应:未纯化DpnI消化产物加入重组反应体系内的总体积不应超过μl(反应体系体积)。尝试对DpnI消化产物进行胶回收纯化;
(4)感受态细胞中加入了过多的反应产物:反应产物的转化体积不应超过感受态细胞体积的,否则会降低转化效率;
(5)出现转化抑制效应:当转化的DNA浓度太高时,会抑制转化反应。将重组反应产物稀释倍后取进行转化。
常见问题3:定点突变未正确完成
可能原因及解决方法:
(1)引物设计错误:核对引物设计方案;
(2)扩增反应所用模板为非甲基化的质粒:DpnI只能识别甲基化DNA,请务必使用从甲基化酶无缺陷的宿主菌中扩增的质粒作为PCR模板;
(3)扩增反应使用过多的模板质粒:对于大多数质粒,ng模板量已足以使扩增反应正常进行,过多的质粒模板将会导致DpnI消化不完全,降低突变成功率。
常见问题4:非目标位点突变
可能原因及解决方法:
(1)模板质粒携带未知位点突变:测序确认模板质粒序列正确性。
(2)扩增循环数过多:为了防止扩增过程中引入非目标突变,扩增循环数不宜超过30。如果扩增效率良好的话,推荐扩增循环数应不超过35。
送检与交付标准
样品类型 | 样品需求 | 保存条件 | 运输条件 | 备注 |
---|---|---|---|---|
动物组织 | 单个样品>0.1g,2mlEP管或冻存管装,不要过量;样本应尽量新鲜,如不能立即提取蛋白或核酸,应液氮速冻后冻存于-80℃或更低,冻存样本避免反复冻融以致降解 | -80℃ | 干冰 | 所有样本均须有唯一标记,且标记清晰可识 |
种子样本 | 去壳新鲜或保存于液氮中的的种子样本,单个样品>0.2g。 | -80℃ | 干冰 | |
贴壁/悬浮细胞 | 1. 总RNA或蛋白:106cell/指标、浆/核RNA或蛋白:107cell/指标、线粒体RNA或蛋白:2*107 cell/指标,样本尽量新鲜,细胞收取后直接加Trizol(QPCR检测)或直接冻存于-80℃ 2. 若细胞处理(加药、转染、感染)后状态差应酌情加大收样量 | -80℃ | 干冰 | |
全血/血清样品 | 用抗凝管保存的外周血 5~10ml,骨髓 1~3ml; -80℃保存不超半周的白细胞匀浆>400μl,每 400μl 加入 400μl Trizol。 | -80℃ | 干冰 | |
石蜡包埋样品 | 由标准的石蜡包埋盒包埋的石蜡块,有效厚度大于 0.1cm; 新鲜的 FFPE 组织切片,每片厚度不超过 10μm,2~8 张,表面积不超过 250mm2。 | -20℃ | 冰袋 | |
抗体 | 1. 按样本种属提供满足相应实验要求的抗体; 2. 按抗体说明书要求寄送,尽量避免分装;如分装,确保量足够进行实验,并提供抗体说明书。 3.保存抗体的抗体管上应有能够识别此抗体的标记,抗体的量应大于实验所需的量。 | -20℃ | 冰袋 | |
引物 | 干粉,≥1OD,如进行预实验,每个基因至少提供两对引物, 附带公司引物合成单。 | -20℃ | 冰袋或常温 |