1今天这篇文章有点意思，这篇文章是南方医科大学广东省人民医院的博士生，发表在12.8分的Journal of Experimental & Clinical Cancer Research上的文章。这篇文章讲了一个巨噬细胞的亚群，这个巨噬细胞亚群会产生MMT，也就是“巨噬细胞-肌成纤维细胞转化”，从而影响CD8⁺T细胞和CD4⁺T细胞的免疫抑制（巨噬细胞常见分化其实是M1/M2极化，成纤维细胞转化，也就是MMT并不算特别常见，在这里也是导致免疫抑制的一种途径，引发了CD8⁺T细胞的耗竭，以及CD4⁺T细胞分化成Treg细胞，这些免疫细胞的分化在《信号通路什么鬼？》系列里都介绍过，可以去看看）。那么，我们就一起来看看他们都做了点什么吧：
首先他们进行了一轮单细胞测序（下面这个tSNE图，就是通过单细胞测序活动的，通过基因表达作为多维的主成因分析，并进行降维成这样的2D图形，通过这样的图来对不同的基因表达特征的细胞进行分簇分析，UMAP和tSNE都是这样的原理，不清楚这两类图的话，可以去看看《列文虎克读文献》和《夏老师带你读文献》，里面也介绍过），他们发现在肿瘤微环境中，存在有CAFs（肿瘤相关成纤维细胞）亚群，有意思的是，其中CAF7这个亚群的细胞上还表达了巨噬细胞、MHC-II类分子和成纤维细胞标志物。这个骨髓来源的CAF7细胞的特征基因，与肿瘤的不良预后也密切相关：
那么这个CAF7具体是怎么产生的呢？通过伪时间轴分析，他们发现CAF7来源是TAM，也就是肿瘤相关巨噬细胞。为了验证这个观点，他们使用肿瘤的条件培养基，来对BMDM（骨髓来源单核细胞）进行处理，结果显示这些BMDM在刺激后，会产生CAF7的表型（这其实就是通过演绎法中柯霍氏法则的验证，通过移入或者移除关键因素，查看下游表型，在这里他们通过肿瘤细胞的条件培养基，来明确肿瘤细胞对周围浸润的TAM所产生CAF7转换的表型影响，不熟悉柯霍氏法则的话，可以去看看《科研的推理和逻辑》《轻松的文献导读》和《像CNS一样思考》）。而通过细胞内的谱系示踪，也明确了巨噬细胞向CAF7转化的过程。
接着，他们想要明确的，就是CAF7这个细胞亚群，与免疫有什么具体的关联性。在这里他们回过头去，分析了单细胞测序的数据，主要就是看看CAF7与其他细胞亚群之间的互作，以及浸润的相关性（这其实也就是通过归纳法中米勒五法的共变法分析，获得与CAF7有共同变化趋势的细胞亚群，通过单细胞测序的统计，分析与CAFs浸润程度有相关趋势的细胞，不熟悉归纳法和米勒五法的话，可以去看看《科研的推理和逻辑》《列文虎克读文献》和《像CNS一样思考》）。结果发现，CAF7的浸润丰度，和Treg分化以及CD8⁺T细胞的耗竭呈正相关性。清除小鼠模型中的巨噬细胞，可以缓解免疫的抑制。而分选出的CAF7，则能在体外诱导CD4⁺T细胞的Treg分化，以及CD8⁺T细胞的耗竭：
那么CAF7的分化，是通过什么基因调控的呢？通过对单细胞测序中CAF7的转录组分析，他们发现ASCL2是CAF7中，最特异的转录因子之一。TGFβ1诱导巨噬细胞发生MMT时，巨噬细胞中的ASCL2会明显上调，而ASCL2也可以被TGFβR这个受体抑制剂所减弱（这里为什么要研究TGFβ信号通路呢？这主要就是由于TGFβ信号通路是诱导巨噬细胞MMT这个转化过程中比较关键的上游驱动信号，而ASCL2有正好是TGFβ信号通路的下游转录因子，不熟悉TGFβ信号通路的话，可以去看看《信号通路是什么鬼？》系列）。而通过样本分析，他们也发现ASCL2⁺TAMs比例与CAF7样细胞的比例，也呈正相关。而TCGA的泛癌分析，也发现了ASCL2与Treg分化，以及CD8⁺T细胞的耗竭的关系。
那么ASCL2的表达，是否真的能与免疫抑制以及巨噬细胞的MMT直接关联呢（这里的假设迭代，其实已经是基于之前的组学分析，以及数据库挖掘的归纳法分析的基础上，提出的，之前的归纳法结果中，他们发现了ASCL2与MMT以及肿瘤免疫抑制的关联性，这也就是提出假设迭代的依据，不熟悉假设和假设迭代的话，可以去看看《科研的推理和逻辑》《像CNS一样思考》《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列）？通过体内外进行BMDM细胞中ASCL2的敲减，他们证实了这一假设，也就是ASCL2减，会抑制巨噬细胞的MMT转化，并减轻免疫抑制反应：
接着，他们分析了ASCL2作为转录因子的下游靶基因，他们找到的是IL6RA，IL6RA蛋白在巨噬细胞MMT中表达上调，而ASCL2敲低可以抑制其表达。巨噬细胞特异性敲减IL6RA，则能减少CAF7样细胞的浸润、并减少Treg和CD8⁺T细胞耗竭，抑制肿瘤的生长（这里其实就已经犯了肯定后件的逻辑谬误了，在这里IL6RA仅是ASCL2的靶基因，也并不是仅依赖于ASCL2得到转录激活的，且也不是ASCL2影响的唯一下游，直接对IL6RA进行敲减，会导致肯定后件的逻辑谬误，不熟悉肯定后件逻辑谬误的话，可以去看看《科研的推理和逻辑》《像CNS一样思考》《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列）：
最后，他们就使用了敲减ASCL2与抗PD-1的ICB治疗同时进行，联合治疗抑制了肿瘤的生长，同时也显著延长了体内模型的生存期。然后就形成了这样的示意图（这个是夏老师用PPT随便画的，不知道怎么用PPT或者Excel画示意图的话，可以去看看《夏老师带你读文献》复习下，都介绍过），巨噬细胞中的ASCL2的表达增强，促进了IL6RA等基因转录，激活了巨噬细胞的MMT转换，形成了CAF7，诱导了微环境中CD4⁺T细胞的Treg分化，以及CD8⁺T细胞的耗竭：
这篇文章假设迭代还是不错的，但是在最后对ASCL2推理的过程中，逻辑其实并不严谨。给这篇文章评个分的话，差不多是这样（仅供参考）：
如果有其他问题交流探讨可咨询18570028002（微信同号）
