这次分享的文献题目是：CHIP-mediated CIB1 ubiquitination regulated epithelial-mesenchymal transition and tumor metastasis in lung adenocarcinoma，影响因子为15.820分，发表在Cell Death & Differentiation杂志上，发表时间为2020年10月，该文章主要探究了CHIP介导CIB1泛素化过程，从而调控肺腺癌的上皮-间质转化和肿瘤的转移。接下来通过作者得到的实验结果来分析这篇文章吧!

泛素化是指泛素（一类低分子量的蛋白质）分子在一系列特殊的酶作用下（涉及泛素激活酶E1、泛素结合酶E2和泛素连接酶E3），将细胞内的蛋白质分类，从中选出靶蛋白分子，并对靶蛋白进行特异性修饰的过程。泛素化在蛋白质的定位、代谢、功能、调节和降解中都起着十分重要的作用。而且，它还参与细胞周期、增殖、凋亡、分化、转移、基因表达、转录调节、信号传递、损伤修复、炎症免疫等几乎一切生命活动的调控。泛素化与多种疾病类型如肿瘤、心血管等发病密切相关。因此，泛素化的研究越来越多

肿瘤相关巨噬细胞（Tumor-associated macrophages，TAMs）是指浸润在肿瘤组织中的巨噬细胞，是肿瘤微环境（TME）的重要组成

缺氧条件下的部分乳腺癌细胞，通过DNA甲基化的作用机制，降低了HIF-1α在EGFR基因上结合位点的甲基化水平，从而促进了EGFR的表达，在这种情况下，EGFR抑制剂对乳腺癌细胞的敏感性更强。

通过经典的m6A实验“dot blot”，发现缺氧能导致CMECs细胞整体m6A水平的减弱，从一堆m6A相关基因中，作者找到了关键因子ALKBH5，并发现其异常表达影响内皮细胞的血管生成能力。

MeCP2与甲基转移酶14（METTL14）结合，通过改变m6A甲基化修饰来调节肿瘤抑制因子KLF4的表达，进而影响结直肠癌的进展。

作者通过他们前面的研究中筛选出CIB1这个蛋白作为研究目标，通过对临床组织进行一系列实验以及了解CIB1对肺腺癌的预后情况，再在细胞层面上过表达/敲除CIB1得到其对肺腺癌细胞功能学实验的影响。其次，通过Co-IP和质谱筛选出与CIB1结合的蛋白CHIP，通过一系列实验证明了CHIP可以通过泛素-降解途径影响CIB1的表达，并得到泛素的K48以及CIB1的K10和K65位点参与CHIP对CIB1的表达。最后，采用回复实验，在细胞层面和动物层面验证CHIP对CIB1的调控关系。

1. 创新型除了与探究的lncRNA的机制有关，也与研究的下游表型，以及lncRNA本身有关。并不是说哪种机制就更新颖。2. RIP，RNA pull down，CHIP，Co-IP这些技术是研究lncRNA与蛋白关系的关键技术，如果想要往这方面尝试的同学务必掌握牢固。3. 综合两种以上的机制，甚至是将ceRNA也融合进来，是常用的增加文章的层次的方法。

作者发现HDAC8的抑制能降低胶质瘤的生成，延长小鼠的生存周期。 研究发现HDAC8调节α-tubulin蛋白乙酰化从而驱动胶质瘤细胞迁移和侵袭。 研究HDAC8对GAMs迁移及抗炎表型的调控作用。最后，探讨HDAC8能否触发NK细胞中的NKG2D，从而增强其细胞毒性。

参与m6A的蛋白可以分为writers，erasers和readers三类，其中writers往核苷酸上添加上甲基，erasers去掉核苷酸上的甲基，readers则是能够识别带有甲基修饰的核酸序列。

关于lncRNA与转录因子的技术总结 1. LncRNA可以受转录因子的调控，也可以调控转录因子的功能，这两种功能可以单独成文，也可以串起来增加文章的丰度。 2. 由于肿瘤的缺氧特性，HIF-1α是最常用作lncRNA的上游调控的转录因子，除了HIF-1α外，还有SP1, P53，也常有文献报道。 3. 上述这篇文献的实验设计很精致，可以作为此套路的范例参考。

关于lncRNA与RBP的技术总结 1. 关键的验证内容是lncRNA与RBP的结合，以及lncRNA对RBP与mRNA结合稳定性的调控 2. 一般来说不需要再深入研究lncRNA与RBP的机制 3. RBP存在功能多样性，可以正向，负向调控下游mRNA的稳定性 4. 如果没有做质谱的条件，也可以参考预测软件的结果找到lncRNA可能结合的RBP