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酵母杂交实验的常见问题—转化篇【酵母杂交实验外包】

2022-09-20 10:39:04

来源/作者:普拉特泽-生物医学整体课题外包平台

  今天普拉特泽生物跟大家一起学习的是酵母杂交实验的常见问题—转化篇,酵母杂交技术是一种体外研究DNA与蛋白质相互作用的技术,蛋白质作为生命活动中最终的执行者和体现者,被越来越多的科研人员研究。而普拉特泽生物——分子检测平台也非常重视这一点,为广大科研人员提供酵母单双杂实验外包服务,同时也总结了在酵母杂交实验过程中常遇到的各种问题,分享给大家一起共勉!

  问题一:菌种是否需要两次平板活化?

  答:根据菌种生长的具体情况。初始菌为1个月内活化过的酵母平板菌落,只需要进行一次平板活化;新鲜转化产物用于感受态制备,不需要平板活化,直接小摇即可;-80 ℃保存的菌种,建议经过两次平板活化后,选择生长良好的菌落再进行摇菌。

  问题二:感受态制备是否必须经过先小摇,然后再大摇?

  答:是的。标准流程是先小摇,再大摇,保证对数期的酵母细胞的比例,才能得到理想的转化效率;不经小摇,直接过夜大摇,用Coolaber酵母转化试剂盒检测,也可以得到较高的转化效率。单个质粒转化或者是两个质粒共转,可以直接大摇,但进行文库转化,为了得到更多的转化子,必须先小摇后再大摇。

  问题三:感受态制备过程中,菌的浓度有什么要求?

  答:最适的菌浓度OD=0.5最好为自然生长的浓度,不是由高浓度稀释而来的浓度。

  问题四:感受态制备完成可以保存多久?

  答:看细胞的具体情况。Super转化KitSuper转化Kit plus含有经优化的感受态细胞冻存液,-80 ℃感受态细胞可以保存6-12个月。未加冻存液的感受态细胞室温只能保存6 h

  问题五:转化产物用无菌水和生理盐水重悬有什么区别?

  答:重悬后直接涂板,生理盐水和无菌水无区别;如果过夜后涂板,用生理盐水重悬,细胞的存活率会更高。

  问题六:转化产物一般重悬体积是多少,涂板量是多少?

  答:单个或者两个质粒转化,建议200 μL重悬,直径9 cm培养皿涂布100 μL;文库转化,建议5-10 mL重悬,直径15 cm培养皿涂布300 μL

  问题七:转化产物的培养温度,以及培养的时间怎么确定?

  答:28-30 ℃培养48 h会有微小菌落出现,3天后会出现较大的乳白色菌落。如果培养基含有抗生素或细胞表达蛋白对自身有毒性,培养时间需延长,菌落也会偏小一些。

  问题八:如何判断是否转化成功?

  答:平板出现乳白色单菌落,直径可达1 mm以上,判断为转化成功;如果平板出现一层菌落,或者菌落都太小,不能挑取单菌落,判断为转化失败。常见的失败多为筛选平板上没能长出任何菌落。

  问题九:酵母转化质粒加入多少合适?

  答:对于高纯度质粒,单转建议质粒加入量100 ng以上,共转建议质粒加入量每种300 ng以上,文库转化建议文库质粒加入量为5-25 μg。质粒的加入量和转化子的数量呈正相关,为了得到较高的转化效率,对于通过NanoDrop定量的质粒,单转和共转均建议每种质粒加入1 μg以上。如出现转化失败的问题,请优先检测质粒的质量,电泳是最为简单有效的方法。

  问题十:转化失败的原因有哪些?

  答:最常见的转化失败为空板,没有菌落长出来。大概率问题出在质粒上,首先需要对质粒进行电泳检测,电泳结果需为大小正确且明亮的条带;其次核对筛选培养基的选用和配制是否正确;排除上述因素,就需要复查酵母菌的外观气味是否正常,或者进行镜检。

  问题十一:文库转化怎么计算转化效率?

  答:文库转化需要尽可能保证文库的完整性,得到尽可能多的转化子。一般认为在缺陷平板(不含报告基因检测缺陷及抗生素平板)上得到十万个以上转化子为合格。比如10 μL的重悬产物,取1 μL稀释到100 μL涂板后得到10个以上克隆,转化实验即为成功的。

  问题十二:线性化质粒转化失败怎么解决?

  答:由于要重组基因组,需要线性化质粒,但其转化效率远远低于环状质粒,一般每μg质粒只能得到50个以内的转化子。由于酶切体系以及纯化方法的影响,造成质粒回收效率低、质量差,是转化失败的主要因素。建议选用质粒大提试剂盒增加质粒的提取量,扩大酶切体系,改善回收方法来解决。酶切完成后,只取少量电泳检测,对于完全酶切的样品,直接用吸附柱纯化;和酶切产物全部电泳后胶回收相比,质粒的损耗率小一些。

  好啦,那所有的酵母杂交操作时的常见问题我们就讲完啦,如果您还有其他操作时的问题我们会第一时间给到回复,如果您有酵母杂交实验外包的需求欢迎随时联系普拉特泽~