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什么是环状RNA(circRNA)+查找circRNA序列步骤

2021-09-22 10:35:42

来源/作者:普拉特泽生物-医学整体课题外包

近些年,circRNA作为研究领域中的新目标,不断的发现了各种circRNA新功能 ,吸引着无数科研小伙伴们的眼光聚焦于此,今天小编就在这里为大家详细解答一番circRNA的相关问题。


首先什么是circRNA

circRNA(circular RNA,环形RNA)是非编码RNA分子的一种,它具有以共价键形成闭合环状结构, 不存在有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴。circRNA大量存在于真核转录组中,不受RNA外切酶影响,表达更稳定不易降解。相当一部分circRNA都是由外显子序列构成,在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。

什么是环状RNA(circRNA)+查找circRNA序列步骤


circRNA有哪些类型?

大部分circRNA都来源于基因外显子,但在很多研究中也发现circRNA的类型远比想象的要复杂,基因组上多种基因结构都可以构成circRNA。


annot_exon

circRNAbreakpoint位于已知基因的一个外显子的起始和另一个外显子的终止,其序列由breakpoint之间的外显子的碱基构成

one_exon

circRNA位于已知基因的某一个外显子内,其序列由breakpoint之间的所有碱基构成

exon_intron

circRNAbreakpoint之间有已知基因的一个或多个完整外显子但breakpoint不位于已知外显子的起始或终止,其序列由上breakpoint起始位点到第一个外显子起始位点、breakpoint之间的外显子和最后一个外显子到breakpoint终止位点的碱基构成

intronic

circRNA位于已知基因的某一个内含子内,其序列由breakpoint之间的所有碱基构成

antisense

circRNA位于已知基因的反义链,其序列由反义链上breakpoint之间的所有碱基构成

intergenic

circRNA位于已知基因的之间,其序列由breakpoint之间的所有碱基构成


什么是环状RNA(circRNA)+查找circRNA序列步骤


如何查找circRNA序列

1、首先根据circRNA的ID号找到全长序列,以hsa_circ_0006156为例,打开circBase网站: http://www.circbase.org/ , 输入ID后搜索,得到如下界面:

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2、点击fasta,并将弹出网页中的circRNA sequence选项更改为“spliced”,再点击“search”,即可下载circRNA的全长序列的fasta格式。

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3、fasta文件可用记事本直接打开,得到如下结果:

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circRNA实验工具

丰晖生物circ环化病毒载体

circRNA发挥其功能时,本身需要环状结构。而在研究中发现克隆的circRNA序列是无法完成环化的,从而导致circRNA功能验证无法完成。为解决circRNA环化问题,我司开发了可高效促进circRNA环化的病毒载体,可极大促进circRNA成环效率,同时还能进行慢病毒包装,可以更好的研究circRNA的环化状态与功能。

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