CHIP染色质免疫共沉淀实验操作常见问题原因及由普拉特泽生物旗下生物科研培训品牌《春风学院》总结分享，我们提供线上下CHIP检测实操视频培训和线下CHIP实验外包服务，拥有自己的实验室与优秀的技术团队，真实值得信赖。

   下面我们就来看看，CHIP实验操作过程中，有哪些容易出现的问题，一起来看看怎么解决吧。

   问题一：非特异性 抗体对照背景高

   解决方法：非特异性结合 Protein A 或G beads，将标本和beads混合孵育1h后去除，然后再加入抗体进行反应（包括预纯化标本步骤）

   问题二：ChIP 缓冲液污染了

   解决方法： 重新配制新的缓冲液

   问题三：有些Protein A or G beads 产生高背景

   解决方法：尽量使用在非特异性对照中背景很低的Protein A/G beads

   问题四：CHIP结果背景高、电泳结果难以分辨大小

   解决方法：原因可能是DNA片段太大， 对不同类型的细胞，DNA 片段化过程要进行优化。破碎后的DNA片段不应该大于1.5 kbp. 如果使用酶消化染色质的话，应该可以看到单个核小体的存在 (175 bp)

   问题五：信号弱

   解决方法：原因可能是染色质的片段太小了， 染色质超生破碎的大小不能小于500bp。太小的片段会使的核小体被误认为核小体间的DNA而被消化掉。如果做N-ChIP，酶切反应足够来片段化染色质了

   问题六：染色质用量不足

   解决方法：推荐每次实验染色质的用量是25 μg

   问题七：CHIP免疫沉淀用抗体量不足

   解决方法：推荐使用3-5 μg抗体进行初次实验，如果没有信号则可以增加到10 μg的用量

   问题八：特异性的抗体结合被清除了

   解决方法：洗液中的NaCl 浓度不能高于500 mM ，因为这个浓度过强，有可能会消除特异性的抗体结合

   问题九：ChIP检测的细胞没有被完全裂解

   解决方法：推荐使用RIPA buffer裂解细胞

   问题十：PCR扩增出现问题

   解决方法：如果所有标本包括模板对照 PCR结果信号均过高，那么应该是Real-time PCR溶液污染了，换用新鲜配制的新溶液重新进行PCR

   问题十一：标本PCR结果阴性

   解决方法：使用 standard/input DNA确认引物是否正确

   好啦，关于ChIP实验操作时的常见问题以及解决方法我们就介绍到这里啦，还有更多要补充的欢迎留言哦！