上一篇我们给大家介绍了甲基化检测的几种方法和实验流程，那么在实验过程中，我们难免会遇到一些问题。

接下来我们列举了三个方面的实验问题：

1、基因组DNA电泳条带弥散
可能原因：样本降解

推荐解决方法：重新抽提基因组DNA

2、无法扩增到目的条带

可能原因：PCR反应条件不佳

推荐解决方法：
a.二次PCR、巢式PCR；
b.重新设计BSP引物

3、TA克隆后筛选不到阳性克隆

可能原因：阳性克隆率过低
推荐解决方法： 
a.提高PCR片段回收率；

b.优化TA克隆条件；
c.更换质量更好的感受态细胞和T载体。

几点讨论：

1、怎样选择进行甲基化分析的目标区域?
a.一般选择位于启动子或者5UTR区；
b.首选转录起始位点附近的CpG岛

2、部分文献报导的甲基化序列不在CpG岛中?
没有明显的CpG岛不代表就没有甲基化， 甲基化也可能发生在并不密集的CG区域

3、BSP甲基化扩增得到的PCR产物可否直接测序?
a.可以，但不推荐；
b.如果进行PCR产物测序有可能在原有的C位点得到双峰图， 无法确定甲基化的程度

甲基化检测的几种方法和实验流程【附视频教程】点此跳转

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