RNA免疫共沉淀技术又称RIP技术。

   核酸和蛋白质是组成生命的主要物质，研究细胞内RNA与蛋白结合情况，可以了解转录后调控网络的动态过程，帮助我们发现的miRNA的调节靶点，RIP检测实验是应用于蛋白与RNA互作关系的重要参考。

一、什么是RIP技术

   免疫沉淀( Immunoprecipitation ，IP)是我们研究蛋白与其它分子互作的关键技术之一，其基本原理就是通过要研究目的蛋白的抗体进行免疫共沉淀，接下来根据要检测的分子类型通过各种方法进行检测，可以真实地反映细胞内蛋白质与RNA结合的情况。

我们可以与CHIP技术类比学习，这两者的实验原理十分相似，只是CHIP技术运用于DNA与蛋白质的结合的研究。

   接下来我们看看研究蛋白质与分子相互作用的技术有哪些呢？

1、Co-IP，研究蛋白与蛋白的相互作用；

2、ChIP，研究蛋白与DNA互相作用；

3、RIP，研究蛋白与RNA互相作用，就是我们今天要讲的这项技术。

我们拆词解意来理解一下RNA免疫共沉淀：

“RNA”指适用于RIP检测的mRNA和lncRNA；

“免疫”就是通过抗体和靶蛋白（抗原）特异性结合，形成复合物；

“共沉淀”就是指2~3种物质形成的复合物通过沉淀的方法来分离；

因此，RIP技术就是运用针对目标蛋白质的抗体把相应的RNA-蛋白质复合物沉淀下来，经过分离纯化并对结合在复合物上的RNA进行测序或QPCR分析。

二、RIP技术的实验原理

用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白

↓
免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来
↓

结合的RNA序列通过QPCR或高通量测序(RIP-Seq) 方法来鉴定

   RIP可应用于研究miRNA调节靶点、RNA与RBP（RNA结合蛋白）的互作关系等。

三、RIP技术的操作步骤

  1、样本制备-细胞/组织裂解

   2、免疫沉淀
  3、RNA提取及逆转录制备cDNA
  4、下游分析

注意：

  1、RIP实验操作全程都要注意样品内源或操作环境中RNA酶的影响

  2、RIP实验抗体至少为IP级

四、RIP技术的结果分析

案例展示——以电泳结果为例

根据RIP-QPCR计算公式计算%Input值； 当%Input<1%时，说明没有结合。

结果分析
   1、阴性对照组正常， Input组条带清晰可见， 表明PCR扩增引物可用于该指标的检测。
   2、样本组无目的条带，表明目的蛋白不可以与该RNA发生结合。
   由于RIP实验能够获得的RNA产物较少， 实验过程中对RNA的损耗也较大， 因此IP后的产物经电泳显示无条带并不代表一定不结合， 具体还是要测下OD值， 并看QPCR是否能扩增出有效条带。

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