看了ChIP、RIP、coIP.............

你还在黑化肥发灰~灰化肥发黑~黑化肥发灰会挥发.............吗？

看了本文，以后都不会再“晕”啦~

首先，我们来找一下三者的共同点，“IP”即免疫沉淀，其概念是利用抗体特异性反应纯化富集目的蛋白的一种方法。

那我们知道了IP是用来富集目的蛋白的，那么在生物体内蛋白一般可能会与什么结合呢？这个我想大家都知道，那就是DNA、RNA、蛋白质。

正题就来了：

如果某蛋白与DNA、RNA或者是其它蛋白在空间上有结合，那么他们就会被相互拉扯，之后——

通过IP的方法富集蛋白，检测与其结合的DNA的方法即为ChIP；

通过IP的方法富集蛋白，检测与其结合的RNA的方法即为RIP；

通过IP的方法富集蛋白，检测与其结合的蛋白的方法即为coIP；

到这里，我想大家都已经明白了三者的区别了，接下来我们来分别深入学习一下~

我们先来看ChIP

用常用语给大家描述一下上图，就是DNA与蛋白交联固定（瞬间终止并固定住细胞当下的生命活动状态），然后裂解细胞并把DNA打碎成200bp左右不等大小的片段，之后用IP级别抗体去捕获已知蛋白，顺便拉出与其结合的DNA片段，然后将DNA进行纯化，之后可利用PCR、qPCR或者测序等技术进行分析DNA产物的分析和鉴定。

为了加深理解，小编特意准备一个案例分享给你们哦。

贴心案例

图片来源：Cancer Research 67(20):9835-43，November 2007

【结论】：作者使用ChIP-PCR的方法证明了Egr-1蛋白可与hPar1 promoter结合

【分组解释】

Input组：全细胞裂解液，含有细胞内所有的DNA，可认为是本底组（阳性组）；

Egr-1 Ab组：目标蛋白一抗拉取组，这里显示的都是与目标蛋白有结合的DNA片段；

IgG组：IgG抗体拉取组，为阴性对照组。

下面我们来看RIP

原理跟ChIP差不多，只是需要在操作时额外注意RNA的降解问题，也不用对细胞进行交联固定。仍然是用常用语给大家描述一下上图，即在细胞裂解液中用目的蛋白的IP级别抗体去下拉所有的可能结合的RNA并进行纯化，之后可利用qPCR、测序等检测技术进行RNA产物的分析鉴定。

贴心案例

图片来源：Cell Death & Disease 9(8)，August 2018

【结论】：作者使用RIP-qPCR的方法证明了YY1蛋白可与lncRNA Sox2ot结合

【分组解释】

YY1组：目标蛋白一抗拉取组，这里显示的都是与目标蛋白有结合的RNA片段；

IgG组：IgG抗体拉取组，为阴性对照组；

最后我们来看 co-IP

原理上还是一样，先裂解细胞，之后用IP级别抗体去下拉所有可能与已知蛋白结合的蛋白，之后可利用WB（有目标蛋白）、MS（无目标蛋白）等检测技术进行下拉蛋白产物的分析和鉴定。

贴心案例

引自：Oncogenesis 4(3):e143，March 2015

【结论】：作者使用双向CoIP-WB的方法证明了DACH1蛋白可与SNAI1蛋白结合

【分组解释】

Input组：全细胞裂解液，含有细胞内所有的蛋白，可认为是本底组（阳性组）；

SNAI1/DACH1组：目标蛋白一抗拉取组，这里显示的都是与目标蛋白有结合的蛋白；

IgG组：IgG抗体拉取组，为阴性对照组。