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RNA免疫沉淀(RIP)实验材料的准备

2024-08-09 18:01:09

来源/作者:普拉特泽-生物医学整体课题外包平台

    今天普拉特泽生物跟大家一起学习的是RIP实验材料的准备,前面的文章我们讲解了RIP(RNA Immunoprecipitation)实验是一种基于抗体的技术,用于定位并鉴定体内的RNA-蛋白质相互作用。该技术通过捕获特定的RNA结合蛋白(RBP)及其结合的RNA,进而分析这些RNA的序列和功能。而普拉特泽生物——分子检测平台也非常重视这一点,为广大科研人员提RIP实验服务的同时,还详细介绍RIP实验所需的主要材料准备步骤,确保大家实验能够顺利进行并获取可靠的结果。

——实验材料

①主要试剂

㈠RIP试剂盒:推荐使用Millipore的RIP试剂盒(cat. No 17-701),该试剂盒包含了一系列用于RIP实验的必需试剂。

㈡PMSF:蛋白酶抑制剂,用于防止蛋白质降解,来源Genstar(cat. No B111-01)。

㈢磷酸酶抑制剂:Selleck(cat. No B15001),用于防止磷酸酶对实验样本的干扰。

㈣蛋白酶抑制剂:Selleck(cat. No B14001),同样用于防止蛋白质降解。

㈤反转录试剂盒:TAKARA RR037A,用于将RNA反转录为cDNA,以便进行后续PCR分析。

㈥qPCR试剂盒:yeasen 11202ES03,用于实时荧光定量PCR,以检测特定RNA的表达水平。

——主要仪器及器材

㈠高速离心机:enppendorf 5810R,用于细胞裂解和样本处理。

㈡荧光定量qPCR仪:Thermo Fisher Scientific ViiA7,用于qPCR实验的数据采集和分析。

㈢磁力架:用于磁珠的分离和洗涤。

㈣涡旋震荡器:用于试剂的混合和样本的均质化。

㈤移液器及枪头:用于精确量取和转移实验样本和试剂。

——样本准备

①细胞样本

Ⅰ细胞培养与收集:选择适当的细胞系进行培养,如HTR-8细胞。当细胞达到所需密度时,用冷PBS清洗两次,然后用细胞刮将细胞刮下,收集至离心管中。

Ⅱ细胞裂解:每1x10^7个细胞加入500µl的RIPA裂解液,并加入PMSF、磷酸酶抑制剂和蛋白酶抑制剂,再加入10% SDS和Triton X-100,翻转裂解过夜后,于-20℃保存。

②组织样本

Ⅰ组织取材与清洗:取下新鲜组织,迅速用预冷的0.9%生理盐水漂洗,以去除残留血液和杂质。

Ⅱ组织处理:将组织剪切成小块,用匀浆器或其他细胞分离设备分散为单个细胞,然后进行离心和裂解处理,步骤与细胞样本类似。

③磁珠准备

Ⅰ重悬磁珠:根据实验需求,取适量磁珠进行重悬。
Ⅱ清洗磁珠:将重悬后的磁珠加入RIP Wash Buffer,涡旋震荡后置于磁力架上,去除上清液,重复清洗数次。

Ⅲ抗体孵育:用RIP Wash Buffer重悬磁珠后,加入约5µg的相应抗体,室温孵育30分钟。

ⅣRNA结合蛋白免疫沉淀

Ⅴ配置RIP Immunoprecipitation Buffer:按照实验要求配置所需缓冲液。

Ⅵ孵育:将磁珠-抗体复合物与细胞裂解液混合,4℃孵育3小时至过夜。

Ⅶ清洗:孵育完成后,用RIP Wash Buffer清洗磁珠-抗体复合物,去除非特异性结合的RNA和蛋白质,重复清洗数次。

④RNA纯化

Ⅰ蛋白酶K处理:用Proteinase K Buffer重悬磁珠-抗体复合物,55℃孵育30分钟,以消化结合的蛋白质。

ⅡRNA提取:将上清液转移至新管中,加入RIP Wash Buffer后,进行RNA提取,包括苯酚-氯仿抽提、乙醇沉淀等步骤。

ⅢRNA溶解:用DEPC处理水溶解提取的RNA,并进行后续分析。

——结论

RIP实验的材料准备是实验成功的关键步骤之一。通过合理选择试剂、仪器和样本,并严格按照实验步骤进行操作,可以确保实验结果的准确性和可靠性。此外,样本的采集、处理和保存也是影响实验结果的重要因素,需要特别注意。希望本文能为RIP实验的材料准备提供有益的参考。

好,今天关于RNA免疫沉淀

实验材料的准备及结论

就说到这里

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