上篇我们讲完了EMSA实验的详细操作步骤，今天给大家完善一下EMSA凝胶迁移实验常见问题与注意事项！EMSA常见问题与注意事项由普拉特生物旗下科研培训品牌——春风学院总结分享。普拉特泽生物专业承接生物医学基础实验外包服务，实操经验丰富，为广大科研人员解忧排难。

        上篇我们说到EMSA实验的详细操作步骤，忘记的点击《EMSA实验操作步骤》回去复习哦。那么在EMSA实验中我们会遇到哪些问题呢，一起来看看吧：

        1. 什么是凝胶迁移或电泳迁移率实验?

        凝胶迁移或电泳迁移率实验(EMSA)是一种研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用的技术，可用于定性和定量分析。这一技术最初用于研究DNA结合蛋白，目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。

        通常将纯化的蛋白和细胞粗提液和32P同位素标记的DNA或RNA探针一同保温，在非变性的聚丙烯凝胶电泳上，分离复合物和非结合的探针。DNA复合物或RNA复合物比非结合的探针移动得慢。

        同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同，可是双链或者是单链。当检测如转录调控因子一类的DNA结合蛋白，可用纯化蛋白，部分纯化蛋白，或核细胞抽提液。在检测RNA结合蛋白时，依据目的RNA结合蛋白的位置，可用纯化或部分纯化的蛋白，也可用核或胞质细胞抽提液。

        竞争实验中采用含蛋白结合序列的DNA或RNA片段和寡核苷酸片段(特异)，和其它非相关的片段(非特异)，来确定DNA或RNA结合蛋白的特异性。在竞争的特异和非特异片段的存在下，依据复合物的特点和强度来确定特异结合。

        2. 实验中需要用到什么试剂?

        凝胶迁移实验需要的结合蛋白，可来源于纯化或部分纯化的蛋白，或粗的核和胞质抽提液。还必须制备同位素标记的DNA或RNA。一般，DNA核苷酸探针用32P和T4多核苷酸激酶来作末端标记，同位素标记的RNA用噬菌体RNA聚合酶和同位素标记的核苷酸在体外合成。

        Promega公司的Riboprobe/sup系统(a,b)可用于同位素标记的RNA的体外合成，DNA 5'末端标记系统，用于制备DNA探针，结合反应所需的组分有：含盐的溶液(氯化镁，氯化钠，或氯化钾)、缓冲体系(Tris-HCl或HEPES)、还原剂(DTT)、甘油、非特异的竞争DNA(poly(dI:dC)dI:dC)，也可能含非离子去污剂。

        在结合蛋白和同位素标记的探针作用后，在非变性的聚丙烯凝胶电泳上，分离复合物，随后将凝胶干燥并放射自显影，或用PhosphorImage/sup分析。

        3. 凝胶迁移实验系统提供了什么试剂?

        Promega公司提供一种凝胶迁移实验系统检测DNA结合蛋白，系统可作为这类实验的一种阳性对照。系统包括目的寡核苷酸，对照DNA结合蛋白，结合缓冲液，用于寡核苷酸探针末端标记所需的试剂。Core 系统包括含重组AP2蛋白(AP2抽提液)的大肠杆菌抽提液和AP2的同源寡核苷酸。

        AP2抽提液是从表达AP2蛋白的大肠杆菌中提取的。另外，Core系统还含SP1同源寡核苷酸，凝胶迁移结合缓冲液，和能作20次对照实验的HeLa核抽提液。

        Complete系统含另外5个双链寡核苷酸，分别是AP1、OCT1、CREB、nf-kb 、 TFIID结合位点的同源序列。这些寡核苷酸可以在末端标记后用作特异性探针，或在竞争实验中用作非特异性探针。

        4. 成功进行凝胶迁移实验，需要优化哪些因素?

        凝胶迁移实验在理论上很简单也很快速，但要成功地进行凝胶迁移实验，还需要优化一些参数，这主要受结合蛋白的来源和探针结合位点特点的影响。

        以下是需要优化的因素：抽提液的制备(核酸酶和磷酸酶污染会使探针降解)，结合蛋白的浓度，探针的浓度，非特异性探针的浓度，缓冲液的配方和pH，聚丙烯凝胶电泳的特点和电泳条件，保温时间和温度，载体蛋白 ，是否有辅助因子(比如锌，或镉等金属离子，或激素)。

        总之，反应总体积应最小(20μL)。为满足一般要求，结合缓冲液含4%甘油，1mM MgCl2，0.5mM EDTA，0.5mM DTT，50mM NaCl，10mM Tris-HCl(pH7.5)， 0.05mg/ml poly dI:dC，或10mM HEPES(pH7.9)， 50mM KCl，1mM DTT，1mM EDTA，10%甘油，0.05mg/mLpoly dI:dC可作为优化实验的起始。

        5. 在DNA探针的选择上，要考虑哪些重要因素?

        目的DNA的长度应小于300bp，以有利于非结合探针和蛋白DNA复合物的电泳分离。双链的合成的寡核苷酸和限制性酶切片段可在凝胶迁移实验中用作探针。如目的蛋白已被鉴定，则应用短的寡核苷酸片段(约为25bp)，这样结合位点可和其他因子的结合位点区别开。

        长的限制性酶切片段可用于对特定的启动子/增强子区域内的蛋白结合位点定位。随后可用DNaseI印迹对蛋白结合的特异区域在DNA序列水平上作出分析。

        6. 用以下一些转录调节因子和HeLa细胞核抽提物可形成哪些复合物：AP1, AP2, CREB, NFkB, Oct1, Sp1, TFIID, TFIIB。

        当用HeLa细胞核抽提物作为结合蛋白的来源时，每1个转录调节因子和它相关的DNA同源序列结合形成特征型的结合形态。以下的文字描述了每一个单独的转录调节因子，包括识别的同源序列，因子的大小，特定的结合条件，以及和HeLa细胞核抽提物可形成的复合物的数目。