染色质免疫共沉淀ChIP实验技术的操作步骤和结果分析【附视频教程】
来源/作者:普拉特泽生物-医学整体课题外包
一、ChIP实验的概念和原理
生物分子之间的相互作用是生命现象发生的基础,其研究可以阐明生物反应的机理,而蛋白质和核酸则是构成生命体最重要的两类生物大分子,因而蛋白质和核酸的相互作用是分子生物学研究的中心问题之一。
那么什么是ChIP技术呢?ChIP也就是Chromatin immunoprecipitation的缩写,又称为染色质免疫共沉淀实验。它是利用抗原抗体的特异性反应来研究细胞内蛋白质与DNA的相互作用的一种技术。这个技术存在的最大意义是可以真实的反映细胞内蛋白质与DNA结合的情况。
如图所示,其实验原理是在生理状态下把细胞内的蛋白质和DNA交联在一起,酶解法将染色质打碎为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过目的蛋白与抗体特异性反应将此复合体沉淀出来,再特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对DNA片段的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
二、ChIP实验研究的蛋白种类有哪些
三、ChIP实验的关键操作步骤
1、染色质制备:
a、细胞/组织样本预处理;b、交联固定;c、酶消化与超声处理;
2、免疫沉淀:
a、合适的抗体浓度;b、固相介质的选择;c、对照抗体的设置;
3、解交联和DNA纯化:
a、蛋白酶K解交联;b、试剂盒DNA纯化;
4、下游分析:
a、二代测序;b、QPCR检测;c、PCR检测。
(其步骤难点详见视频教程)
那么,如何去判断ChIP实验的操作是否正常呢?注意以下的点:
只要实验阳性对照为阳性、阴性对照为阴性,样本组不管是阳性还是阴性,实验体系整体问题不大;
如果样本组的检测出现阴性的结果,需要去思考一下这个样品的制备过程以及目的蛋白和DNA片段结合是否具有时空上的特异性,也就是说,在同一个样本的不同刺激因素诱导下,不同时间目的蛋白和目的片段DNA序列存在不同的结合情况,这个需要基于对所研究课题的充分了解和多次实验反复来验证获得的结果。
这也需要我们明白DNA和蛋白的结合并不是一个绝对稳定和单一的结果,那么,如何根据实验获得的结果去判断结合的强度呢?关于这项技术又有哪些疑难问题呢?详细的实验案例结果解析和疑难问题原因分析会在附带的视频中详细给大家讲解。
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染色质免疫共沉淀技术(ChIP)的实验操作及更多注意事项视频教程地址(建议微信打开):
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