大家好，今天普拉特泽生物继续跟大家一起学习关于SNP检测的各种方法下篇，本文由普拉特泽生物—表达检测平台总结分享，表达监测平台专业承接SNP检测等各种实验外包服务，实操经验丰富质量上乘。如果您有疑问的问题可以看看SNP检测常见问题答疑上篇，话不多说来看看吧！

        问题一：SNP的研究思路是怎样的？

        答：首先寻找研究相关的 SNP 位点

        (1) 如果是单基因遗传，特别是罕见遗传的疾病，可以通过外显子测序对一个家系的几个个体进行测序，筛选低频突变，随后找那种能改变蛋白功能的突变，最后做共分离分析。

        (2) 如果是多基因病或者质量性状定位，那么两个方法，一是，全基因组关联分析GWAS，用散发型个体，做关联分析。不过这种方法要的样本量比较大，一般都要大几百个，多的都要好几千。二是，基因家系的连锁分析，这个主要是定位，然后再后续做一些东西，一般用芯片或者全基因组重测序或者简化基因组测序。

        (3) 还可以通过参考资料锁定研究相关的基因，通过数据库查到基因内部的 SNP 位点。

        (4) 查找相关的参考文献，找到研究相关的 SNP 位点。

        然后，开始进行SNP位点验证，采用对照组和实验组的大量样本，验证寻找到的实验相关的 SNP 位点。

        (1) SNaPshot 法：基于多重PCR和ABI 3730xl 测序平台的 SNP 分型检测。

        (2) 直接测序法：基于一代测序平台的SNP分型检测。

        (3) 质谱法：基于Sequenom平台的SNP分型检测。

        (4) Taqman探针法：基于荧光定量PCR仪平台的SNP分型检测，等等。

        最后根据已有的对照组和实验组的SNP分型结果与实验目的进行关联分析：

        (1) 与疾病的关联分析等。

        (2) LOH分析。

        (3) 遗传连锁分析。

        (4) 单倍型分析。

        还可以进行包括HW平衡分析、聚类分析、品种鉴定、单体型分析等数据分析。

  问题二：想要在SCI杂志上发表影响因子大于5的SNP文章，需要做哪些准备工作？

  答：除了前面说的研究方法、研究思路及使用恰当的功能验证方法外，对于疾病研究、病理样本和对照样本要有非常大的样本量，通常是几百例，最好是大于1000例。另外，一定要结合相关的环境风险因素一起进行统计学分析，比如LD，单体型分析等等。

  问题三：如何筛选SNP位点？

  对于候选SNP的筛选，有很多种考虑，总的趋势和出发点是能够涵盖的SNP越多越好。

        (1) 选择minority allele频率大于5%。

        (2) 正式试验前可选30人左右的人群做该基因的测序，看看有没有和数据库不一致的SNP。

        (3) 除了TagSNP外，还可选择进化保守区的SNP。

        (4) 看看该区域内有没有其他人群相关功能或易感阳性SNP的报道。

        (5) 改变氨基酸编码的SNP。

  目前更倾向于筛选对于某一疾病的重要候选基因，对其基因全长进行重新测序(这一过程称为SNP rediscovery 或者是SNP resequencing)，然后选出有意义的位点再进行genotype，并构建haplotype。

      问题四：SNP的功能验证？

  答：SNP的相关性分析只是通过样本得到的信息经统计分析而得到的结论，但是是否真的具有生物学功能需要有功能验证试验，这样以后的实用性将更大，也更具有说服力。

       SNP功能验证经典的验证方法是模式生物，基因定点敲出，但费用高、周期长，还不一定能模拟出表型，或者是做生物信息分析，然后研究功能通路的改变，再用实验验证，这个方法最大的问题是基因表达的改变一般都需要组织，而有些复杂疾病很难取到组织。

  好啦，那关于SNP实验的所有问题咱们就回答到这里啦！如果还是没有覆盖到您的疑问或者您有SNP检测代做的需求，可以随时给客服留言，我们会在最短的时间内联系回复到您，期待您的留言~