今天普拉特泽生物带大家学习的是DNA甲基化检测的六种方法及各自的优势，文尾附有视频教程供大家学习~理论知识不够熟练的同学请全文背诵。普拉特泽生物表达检测平台专业承接DNA甲基化检测代做服务，本文根据我们承接的多例DNA甲基化代测实验，总结出六种我们常用的适用于不同DNA甲基化研究方向的解决方案，供大家参考学习：

        1、全基因组重亚硫酸盐甲基化测序（WGBS）

        全基因组重亚硫酸盐甲基化测序（WGBS）可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基（C碱基）的甲基化水平，是DNA甲基化研究的金标准。WGBS能为基因组DNA甲基化时空特异性修饰的研究提供重要技术支持，能广泛应用在个体发育、衰老和疾病等生命过程的机制研究中，也是各物种甲基化图谱研究的首选方法。

        技术优势：

        l 应用范围广：适用于人和大多数动植物研究（参考基因组已知）

        l 全基因组覆盖：最大限度地获取完整的全基因组甲基化信息，精确绘制甲基化图谱

        l 单碱基分辨率：可精确分析每一个C碱基的甲基化状态

        2、精准DNA甲基化和羟甲基化测序（oxBS-seq）

        DNA羟甲基化是近年发现的一种新的DNA修饰并迅速成为研究热点。随着研究的深入，发现之前被认为是检测DNA甲基化“金标准”的重亚硫酸盐测序并不能区分DNA甲基化（5mC）和DNA羟甲基化（5hmC）。易基因联合剑桥大学建立了化学氧化法结合重亚硫酸盐转化的测序技术（oxidative bisulfite sequencing, oxBS-Seq），该技术不仅可以精确检测DNA甲基化，排除DNA羟甲基化的影响，还可以双文库结合同时单碱基分辨率精确检测DNA羟甲基化。

        技术优势：

        l DNA甲基化检测全新的“金标准”

        l 全基因组单碱基检测DNA羟甲基化修饰

        l 多重标准验证高氧化效率和高Bisulfite转换率

        l 实验偏好性低，重复性高（R²>0.98）

        l 可满足多种测序应用需求：简化基因组氧化甲基化测序（oxRRBS），目标区域氧化甲基化测序（Target-oxBS）

        3、简化甲基化测序（RRBS/dRRBS/XRBS）

        简化甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS）是利用限制性内切酶对基因组进行酶切，富集启动子及CpG岛等重要的表观调控区域并进行重亚硫酸盐测序。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。为了适应科研技术的需要，我们进一步开发了可在更大区域内捕获CpG位点的双酶切RRBS（dRRBS），可研究更广泛区域的甲基化，包括CGI shore等区域。

        技术优势：

        l 精确度高：在其覆盖范围内可达到单碱基分辨率。

        l 重复性好：多样本的覆盖区域重复性可达到85%-95%，适用于多样本间的差异分析。

        l 性价比高：测序区域针对高CpG区域，数据利用率更高。

        4、单/微量细胞全基因组甲基化测序（scWGBS）

        单细胞及微量样本的DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库测序技术。传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。易基因建立了基于线性扩增和单管建库的技术，可充分降低文库偏好性，准确的完成珍贵样本的全基因组甲基化研究。

        技术优势：

        l 超低起始量：单细胞或超低的建库DNA起始量

        l 测序覆盖度高 ：最大限度地获取完整的全基因组甲基化信息，精确绘制甲基化图谱

        l 单碱基分辨率：可精确分析每一个C碱基的甲基化状态

        5、扩增子（羟）甲基化测序

        扩增子（羟）甲基化技术针对基因组上特定的DNA序列设计甲基化特异性扩增引物（如感兴趣的基因等），基因组DNA进行（氧化）重亚硫酸盐处理后，PCR扩增检测片段，扩增产物通过二代高通量测序，更精准的检测基因区域的甲基化状态。

        技术优势

        l 准确性高：可满足几个到上百个基因/CpG 位点的检测，其覆盖范围内可达到单碱基分辨率，覆盖深度超高（位点平均覆盖深度>300X）。

        l 性价比高：低成本、周期短，超高性价比。

        l 针对性强：适用于特定基因或者位点甲基化状态的检测。

        l 应用广泛：广泛用于临床样本多位点的甲基化 Biomarker 筛选、验证及临床转化应用。

        6、（羟）甲基化DNA免疫共沉淀测序(h)MeDIP-seq

        5hmC是新发现的一种的修饰碱基，由TET家族的酶通过氧化5mC产生的。5hmC不仅能够降低MeCP蛋白的甲基化结合结构域（MBD） 与甲基化DNA的亲和性，具有潜在的参与基因表达调控的转录调节功能，而且参与了DNA去甲基化过程。

        技术优势：

        l 检测范围广：全基因组范围鉴定甲基化修饰区域

        l 针对性强：针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域

        l 成本低：大大降低了测序数据量，测序成本低

        那么关于DNA甲基化检测的六种实验方案我们就总结到这里啦，还有想要学习DNA甲基化检测的同学可以点击《甲基化检测 理论+实操》进行更深入的学习~本文就到这里啦，再见！