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如何看质粒图谱?

2021-06-11 11:33:44

来源/作者:普拉特泽生物-医学整体课题外包

就像“没有人永远18岁,但总有人18岁”这句话一样,我们每年总会遇到刚进入科研领域的新手朋友,所以一些帮助新手快速解决的问题的文章,每年都要更新一遍。

在生物科研这个领域里,很多小伙伴都会接触到质粒这个小东西,而当你费尽千辛万苦后找到这个小东西的图谱时,你就会发现图谱上有很多乱七八糟的箭头,还有很多英文的序列,比如像什么ORI啊,Amp啊等等,那这些东西究竟是什么意思呢,今天小编就在这里为大家详细解答一番。


首先要为大家介绍下质粒图谱包含的四大要素。

1.复制起点:控制着质粒的复制,并决定了质粒的宿主和拷贝数

2.筛选标记:多为抗性基因,以便加以检测筛选

3.多克隆位点:外源基因的插入位点

4.其他元件:如转录调控元件、翻译表达元件和蛋白标签等

以下就用大家常用的pcDNA3.1(+)表达载体作为案例

第一步:了解质粒图谱中的复制起点

如上图谱中的ori表示质粒的复制起点。质粒的复制起点决定了质粒的宿主及质粒的拷贝数相关。若图谱上只有一个ori,表示质粒是原核克隆及表达质粒。而图谱上有两个ori,则表示该质粒是穿梭质粒,既可以在原核也可以在真核中复制。

第二步:了解质粒图谱中的筛选标记

图谱中的AmpR、KanR等表示质粒载体中的筛选标签,多为抗生素抗性基因,方便后续通过抗生素筛选阳性克隆。只存在单抗性的质粒多为原核克隆载体和原核表达载体。而存在两种或以上的抗性的多为穿梭质粒。

第三步:了解质粒图谱中的多克隆位点

图谱中的MCS区或者许多内切酶集中的部分,就是质粒的多克隆位点。多克隆位点为一系列限制性内切酶酶切位点,是外源DNA的插入位点,一般可通过酶切后连接的方式将外源DNA插入质粒。多克隆位点一般位于转录启动和转录终止信号之间。

第四步:了解质粒图谱中其它元件

质粒载体中除复制起始位点、筛选标记、多克隆位点外,还具有其他一些表达或调控元件,如转录调控元件、翻译调控元件和融合表达标签蛋白等。比如:

蛋白纯化标签蛋白:His-Tag,GST-tag

蛋白检测标签蛋白:Myc-Tag,Flag-Tag,HA-Taq

荧光蛋白表达标签:GFP,mCherry

对质粒图谱的介绍差不多就是这些了,相信小伙伴们都已对质粒图谱了然于心了,赶紧找个质粒图谱去看看吧。